NO HAY PATOVARES, se los denomina TOXINOTIPOS. Hay que tener en cuenta que no hay toxinotipos en esta especie. C. chauvoei se caracteriza por producir 4 toxinas mayores: alfa (fosfolipasa/hemolisima similar a la de C. septicum), beta (ADNasa), gamma (hialorunidasa) y delta (hemolisina). Además tiene una citotoxina (CCtA) y una sialidasa/neuraminidasa (NanA).

Igualmente la técnica de PCR se puede utilizar para identificación de toxinotipos de C. novyi.